聚合物基質液相色譜柱在流動相發生變化時都會出現膨脹或收縮。用于HPLC的高交聯度聚合物填料，其膨脹和收縮要有限制。溶劑或小分子容易滲入基質中，因為小分子在基質中的傳質比在陶瓷性基質中慢，所以造成小分子在這種基質中柱效低。對于大分子像蛋白質或合成的高聚物，效能比得上陶瓷性基質。因此，廣泛用于分離大分子物質。
聚合物基質液相色譜柱選擇的條件：
A含碳量
含碳量指的是硅膠表面鍵合相的比例，與比表面積和鍵合覆蓋度等有關。高含碳量進步柱容量、分辨率及分析時間，用于要求高分離度的復雜樣品；低含碳量分析時間短、展現不同的選擇性，用于快速分析簡單樣品及需要高含水活動相條件的樣品。
B孔徑和比表面積
吸附介質是多孔的顆粒，盡大多數的反應表面于孔內。因此，分子必須進進孔內才能被吸附和分離。
孔徑和比表面積是相輔相成的兩個概念。孔徑小比表面積大，反之亦然。比表面積大，增加樣品與鍵合相之間的反應，增加保存，上樣量和復雜成分的分離度；比表面積小，平衡時間快，適合梯度分析。
C顆粒粒徑
粒徑越小柱效越高、分離度越高，但同時會導致較高柱壓降。
D填料基質
1、硅膠基質：純度高本錢低，強度大，化學修飾輕易，但pH值范圍有限。大多硅膠基質填料在pH2-8之間穩定，但經過特殊修飾的硅膠鍵合相可以穩定在一定范圍內。
2、聚合物基質：應用pH值范圍寬，溫度穩定，機械強度小。
B顆粒外形
填料都是球形顆粒，但有時是不規則的顆粒。球形顆粒提供較低的柱壓、較高的柱效和穩定性以及較長的柱壽命在使用高粘度的活動相時；不規則顆粒有較大比表面積和相對低廉的價格。
